A ABAETÉ foi fundada em 19 de fevereiro de 1979 pelo Comandante Jorge Mello em Salvador, Bahia, com o objetivo de oferecer serviços de táxi aéreo. Para iniciar suas operações, a empresa utilizou um Piper Arrow de matrícula PT-DSM. O negócio prosperou, focado em segurança e qualidade, o que atraiu o Comandante Milton Tosto para a sociedade no ano seguinte. O Comandante Tosto, além de aviador, possuía amplo conhecimento em manutenção aeronáutica. Com o crescimento sustentado e a ampliação da frota, a ABAETÉ logo incorporou a tradicional ATLANTA Táxi Aéreo, uma concorrente local conhecida por suas oficinas de manutenção. A frota da ABAETÉ passou, então, a ser composta por Cessna 310, Cessna 402 e Navajos. Ainda nos anos 80, a empresa expandiu sua frota com a adição do EMB 110 Bandeirante.

A década seguinte, de 90, marcou a chegada do Cessna C208 Caravan à frota da ABAETÉ. A empresa baiana ganhou destaque com a operação dessas aeronaves no Brasil, tornando-se, inclusive, a pioneira na versão Cargomaster no país em 1994. Em 1995, a ABAETÉ possuía seis Embraer 110 Bandeirante, dos quais dois foram transferidos para uma subsidiária: a Abaeté Linhas Aéreas, que operou entre 1995 e 2012, preenchendo o vazio deixado pela NORDESTE Linhas Aéreas. Naquela época, a frota da empresa chegou a incluir três dezenas de aeronaves, entre elas os jatos Cessna Citation II.

Os anos 2000 trouxeram à empresa um novo hangar, a expansão de suas oficinas e a racionalização da frota, que foi padronizada nos modelos NE821 Carajá, Embraer 121 Xingu, Embraer 110 Bandeirante e, claro, os Cessna C208 Caravan. Com a chegada da segunda geração das famílias Mello e Tosto à gestão, a empresa baiana optou pelo Beech Hawker para seus serviços de jatos executivos e implementou uma completa reformulação do negócio, incluindo uma nova identidade visual e portfólio de produtos. Em 2020, a ABAETÉ solicitou à ANAC autorização para operações regulares com a intenção de voar em destinos regionais na Bahia, utilizando os C208. Após obter a autorização, lançou uma identidade visual exclusiva para essas aeronaves e passou a voar de Salvador para Morro de São Paulo e Maraú (Barra Grande), operando sazonalmente para Mucugê, na Chapada Diamantina.

Em 2025, a ABAETÉ segue firme em suas operações como linha aérea turística, utilizando seus C208 para servir três destinos: Salvador, Morro de São Paulo e Boipeba. Além disso, mantém uma frota relevante de jatos executivos Hawker. A empresa encerrou o uso dos Embraer 110 Bandeirante após 38 anos de serviço, colocando assim o ponto final em uma história de 49 anos de operação do EMB 110 na Bahia.